Der erste Nachweis für eine Synagoge in Binswangen ist ein Dorfplan aus dem Jahre 1750 des österreichischen Obristen Kolleffel, in dem sie eingezeichnet ist.
1835 wurde Maurermeister Christa aus Zusamaltheim mit dem Bau einer neuen Synagoge beauftragt.
Als Vorbild für das Bauwerk in Binswangen diente die Synagoge in Ingenheim, jetzt Billigheim-Ingenheim. Das ehemalige Gotteshaus in Binswangen ist heute die älteste der im neumaurischen Stil aufgeführten Synagogen in Deutschland.

Am 9. Nov. 1938, der Pogromnacht, wurde das Innere von SA-Leuten geschändet und vollständig zerstört. Der geringe Abstand zur anreinenden, dichten Bebauung war ursächlich, dass die Synagoge in der Pogrom-Nacht 1938 nicht in Flammen aufging.

Dem Wachsen des Denkmalschutzgedankens ist es zuzuschreiben, dass der Landkreis Dillingen a.d.Donau das Gotteshaus, das mittlerweile zur Konkursmasse einer Firma gehörte, im Januar 1987 ersteigerte.
Nach über dreijährigen Renovierungs- und Restaurierungsarbeiten, deren Kosten in Höhe von ca. 3 Millionen DM sich der Bund, der Freistaat Bayern, der Bezirk Schwaben, der Landkreis Dillingen a.d.Donau, die Stadt Wertingen, die Gemeinde Binswangen und der Förderkreis der Synagoge teilten, verfügt Binswangen seit 20.Oktober 1996 wieder über ein Wahrzeichen, das untrennbar mit der Geschichte der Gemeinde verknüpft ist.